Bystyret i Trondheim vedtok i 1990 og 1991 ny organisasjonsplan som ligger til grunn for dagens politiske styringsmodell. Formålet med organisasjonsplanen er å sikre god tjenesteyting nær brukerne og ivareta hensyn til effektiv bruk av kommunens totale ressurser. For politisk styring ble prinsipp om gjennomgående representasjon, dvs at alle i bystyret skal tilhøre en komité og at komiteene fungerer som politisk verksted, et viktig prinsipp.
Bystyret er kommunens overordna styringsorgan og består av 67 representanter fordelt på 6 komiteer og et formannskap. Bystyret avgjør saker som gjelder hovedtrekkene i kommuneadministrasjonens organisasjon, langtidsplaner og andre planer av overordna betydning, kjøp og salg av fast eiendom dersom verdien av eiendommen overstiger 5 millioner kroner. Disse forhold er beskrevet i kommunens delegeringsreglement.
Hver høst igangsettes budsjettprosessen. Rådmannen fremlegger budsjett og økonomiplan for de neste 4 år til politisk behandling. Føringene for bystyrets arbeid legges i stor grad gjennom budsjettet.
Bystyret og formannskapet velger medlemmer til styrer, råd og utvalg.
Formannskapet Kommunen forholder seg til formannskapsmodellen slik den er beskrevet i kommunelovens §8, og har gitt formannskapet avgjørelsesmyndighet i saker hvor ikke annet følger av lov eller er omtalt i delegasjonsreglementet som bystyrets ansvarsfelt.
Formannskapet mottar innstilling på saker fra rådmannen som er den øverste administrative leder, men kan også behandle forslag fra ordfører, kommunens oppnevnte komiteer og innbyggerinitiativ. Rådmannen har prinsippet om fullført saksbehandling som utgangspunkt. Det vil si at når en sak er sendt til politisk behandling har rådmannen levert sin endelige innstilling. Formannskapet har rollen som det organ som kan behandle hastesaker, er bygningsråd, valgstyre og generalforsamling for kommunens aksjeselskap. 5 av formannskapets medlemmer utgjør kommunens lønns- og administrasjonsutvalg Utvalget suppleres med 5 arbeidstakerrepresentanter når det har rollen som administrasjonsutvalg. 5 av formannskapets medlemmer er kommunens klagenemnd.
I saker som ikke er delegert, er ordførerens rolle å oversende sakene til innstilling i bystyrets oppnevnte komiteer.
Bystyrekomiteene innstiller direkte til bystyret. Komiteene kan verken bevilge eller beslutte, men tar initiativ for å få utdypet sakene gjennom å benytte ulike former for høringer og få utvidet informasjon om en sak før den innstilles til bystyret.
Når det gjelder reguleringsplaner og andre saker der formannskapet settes som bygningsråd, skal formannskapet vedta innstilling. Innstillingen sendes via byutviklingskomiteen til bystyret. Dette er bestemt i reglementet for formannskapet.